两者的产地生境不同
金丝楠生长于海拔1000到1500米的亚热带阴湿山谷山洼以及河边，其中品质最好的主要分布在中国四川邛崃、峨眉山，以及四川与云南接壤的地方。主要分布于中国四川、贵州等海拔1000-1500米的亚热带地区阴湿山谷、山洼及河旁。
沉香树高5米—10米，多生于山地雨林或半常绿季雨林中，中国沉香主要分布于广东、海南、广西、云南、福建等省区，一般生长于海拔400米以下，在海南可达海拔1000米；广东省独特的气候条件，使得这里成为了适合沉香树生长的地方，于是也有“中国沉香之乡”的美称。
香韵不同
曾有木友问道，金丝楠好坏是否与香气有关系，金丝楠的好坏当然与香气有关系，而且关系重大。香气是金丝楠的重要标志之一。一般来说，金丝楠的香气有几种，药香气、沉香气和花果香等。新料多药香气，老料一般是幽香，香气较淡，若隐若现，当然，不排除个体差异；而阴沉料有的是沉香气，有的是花果香，带有香甜的味道，而且芳香浓郁。既然香气是金丝楠的标志性的符号，也往往用于区别真假金丝楠的手段之一。而且，金丝楠的香气还很养人啊，长期生活在楠木家具的环境中，更能使人延年益寿，且蚊蝇不进，令人心旷神怡。
两者的用途不同
金丝楠有香气，纹理直而结构细密，不易变形和开裂，为建筑、高级家具等优良木材。在历史上金丝楠木用于皇家宫殿、少数寺庙的建筑和家具。金丝楠木中的结晶体明显多于普通楠木，木材表面在阳光下金光闪闪，金丝浮现，且有淡雅幽香。沉香的老茎受伤后所积得的树脂俗称沉香，可作香料原料；树皮纤维柔韧，色白而细致可做高级纸原料及人造棉；木质部可提取芳香油，花可制浸膏。
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